Głównym wskazaniami do biopsji endometrium są plamienia i krwawienia niezwiązane z okresem. Wykonuje się ją przy podejrzeniu polipów lub zmian nowotworowych, podejrzeniu ciąży pozamacicznej, wahań hormonalnych, plamieniu pomenopauzalnym i w leczeniu niepłodności.
Biopsję należy wykonać po 20 dniu cyklu miesiączkowego. Na 24 godziny przed zabiegiem nie można używać żadnych środków dopochwowych ani tamponów oraz zaleca się wykonać test ciążowy przed badaniem, by mieć pewność, że nie rozwija się dziecko w macicy.