W diagnostyce przewlekłego zakażenia wirusem HPV pomocne jest badanie oparte na metodach diagnostyki molekularnej, polegającej na stwierdzeniu obecności transkryptów mRNA. Dzięki czemu można wykryć faktyczne zagrożenie rozwoju choroby nowotworowej wśród zakażenia wirusem.
Na 24 godziny przed badaniem należy zrezygnować ze współżycia płciowego i ograniczyć zabiegi higieniczno-pielęgnacyjne w okolicy narządów płciowych. Nie można również stosować żadnych leków dopochwowych lub maści zewnętrznych co najmniej 48 godzin przed wyznaczonym terminem badania. Co więcej, należy zachować 7-dniową przerwę po leczeniu środkami przeciwdrobnoustrojowymi, 1-dniowy odstęp od badania ginekologicznego i USG ginekologicznego. Pacjentka nie może mieć również miesiączki.